对于免征增值税的自产农产品，开具普通发票即可满足交易和税务需求。但如果购买方需要取得增值税专用发票用于抵扣等特殊情况，需符合相关特殊规定，例如承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售粮食、大豆免征增值税的，可以对免税业务开具增值税专用发票。
本文围绕增值税专用发票开具的一般规定中涉及农、林、牧、渔业类产品的场景，详细阐述了税务基本政策规定、政策解读，以问答形式呈现相关答疑，对比了营改增政策前后的变迁，分析了税企争议和稽查焦点，并列举了相关案例及会计实务操作，旨在为涉及该类业务的企业和财务人员提供全面且深入的指导，确保发票开具及税务处理的合规性与准确性。
一、基本政策规定
1.基本政策
农业生产者销售的自产农产品免征增值税，通常不得开具增值税专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
2.政策解读
这一政策旨在扶持农业生产，减轻农民负担，促进农、林、牧、渔业的发展。对于免征增值税的自产农产品，开具普通发票即可满足交易和税务需求。但如果购买方需要取得增值税专用发票用于抵扣等特殊情况，需符合相关特殊规定，例如承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售粮食、大豆免征增值税的，可以对免税业务开具增值税专用发票。
二、相关答疑
1.一般纳税人从农业生产者手中购进免税农产品，取得何种发票可以抵扣进项税额？
可以取得农业生产者开具的农产品销售发票或者自行开具的农产品收购发票，按照发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算进项税额，现行扣除率为 9%。若用于生产或委托加工 13% 税率货物的农产品，按照 10% 的扣除率计算进项税额。
2.企业购进的农产品既用于生产 13% 税率货物又用于其他用途，进项税额如何计算？
应准确划分不同用途的农产品数量或金额。若无法划分，需按照公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额=当期无法划分的全部进项税额 ×(当期简易计税方法计税项目销售额 + 免征增值税项目销售额)÷ 当期全部销售额。
三、政策变迁
1.发票管理与监管方面
营改增前，对农产品发票的管理相对宽松，监管力度较小。营改增后，税务机关加强了对农产品收购发票和销售发票的管理，要求企业提供更详细的收购台账、运输记录、资金流向等资料，以防范虚开收购发票骗取进项税额抵扣的行为。
2.扣除率方面
营改增前，农产品进项税额扣除率相对单一。营改增后，扣除率根据农产品用途进行了细化调整，分为 9% 和 10%，提高了税收政策的精准性和科学性。
四、税企争议
争议点一：自产与外购界定
企业与税务机关可能在农产品是自产还是外购的界定上存在分歧。例如，企业对购入的农、林、牧、渔产品进行再种植、养殖后销售，认为应视同自产农产品享受税收优惠，但税务机关可能对此认定存在不同看法，需要企业提供县级以上农、林、牧、渔业政府主管部门的确认意见。
争议点二：用途划分
在农产品存在混合用途时，企业与税务机关可能在用途划分的准确性上产生分歧。企业可能根据自身的成本核算方法或业务理解来划分可抵扣与不可抵扣进项税额的农产品范围，而税务机关可能依据税收政策的严格规定进行判定。
五、稽查焦点
1.发票真实性
重点检查发票所反映的交易是否真实发生，包括销售方是否为真正的农业生产者，是否存在虚构交易开具发票的情况。例如，通过核实销售方的身份信息、土地承包合同、养殖记录等资料，判断农产品的自产情况是否属实。
2.进项税额核算准确性
审查企业对购进农产品用途的划分是否准确，以及进项税额计算和核算是否符合规定。稽查人员会检查企业的生产记录、销售台账、成本核算资料等，核实用于生产 13% 税率货物、其他应税项目、免税项目、集体福利等不同用途的农产品数量和金额是否准确记录和核算。
六、相关案例
案例一：虚开发票骗取进项税额抵扣
某食品加工企业为了多抵扣进项税额，虚构从农户手中收购农产品的交易，自行开具农产品收购发票。税务机关在稽查时，通过实地走访农户、核对银行流水等方式，发现该企业并无实际收购行为，最终认定企业虚开发票，责令其补缴税款并处以罚款。
案例二：用途划分错误导致进项税额多抵
某农产品加工企业购进一批农产品，部分用于生产 13% 税率的食品，部分用于职工食堂。企业在核算时，未准确划分不同用途的农产品金额，将用于职工食堂的部分也按照 10% 的扣除率计算抵扣了进项税额。税务机关稽查发现后，要求企业转出多抵扣的进项税额，并加收滞纳金。
七、会计实务
1.发票取得与审核
企业在购进农、林、牧、渔业类产品时，应仔细审核取得的发票，确保发票信息填写完整准确，包括销售方名称、纳税人识别号、地址、电话等，以及农产品的名称、规格、数量、单价、金额等。对于不符合规定的发票，应及时要求销售方重新开具。
2.进项税额计算与核算
根据购进农产品的用途和取得的发票类型，正确计算进项税额。如取得增值税专用发票的，按照发票上注明的税额抵扣；取得农产品收购发票或销售发票的，按照买价和规定的扣除率计算抵扣。同时，应分别核算用于不同用途的农产品进项税额，对于无法划分的，按照规定公式计算不得抵扣的进项税额并转出。
3.账务处理
在会计核算上，购进免税农产品时，应将买价扣除进项税额后的金额计入存货成本，进项税额计入 “应交税费 —— 应交增值税(进项税额)” 科目。例如，某企业购进一批免税农产品，支付价款 100 万元，进项税额为 100×9%=9 万元，则会计分录为：
借：原材料 91 万元
应交税费 —— 应交增值税(进项税额)9 万元
贷：银行存款 100 万元
总 结
本文核心围绕增值税专用发票开具中农、林、牧、渔业类产品的相关规定及实务要点展开。详细介绍了政策规定及解读、答疑解惑、政策变迁、税企争议、稽查焦点、案例分析及会计实务操作等内容，强调企业在处理该类业务时需严格遵循政策法规，准确核算进项税额，确保发票开具及税务处理的合规性与准确性，避免税务风险。
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